پوهنحی اقتصاد که یکی از پوهنحی‌های مهم و کلیدی است، در سال 1391 خورشیدی در چوکات مؤسسه تحصیلات عالی ولایت بدخشان ایجاد شد که با پذیرش 171 تن دانشجو به فعالیت آغاز کرد. این پوهنحی از بدو تأسیس تا اکنون دارای دو رشته ( منجمنت و اداره‌ی تشبثات، و مالی و بانکی ) می‌باشد که سالانه سهم فعال در جذب فارغان مکاتب کشور می‌گیرد. دانشجویان این پوهنحی همانند سایر پوهنحی‌های پوهنتون بدخشان، از ولایات مختلف کشور می‌باشند. استادان این پوهنحی تا سویه‌ی لیسانس و ماستری، تحصیلات عالی دارند و تلاش رهبری پوهنتون بدخشان این است که زمینه‌ی ارتقای سویه‌ی تحصیلی استادان این پوهنحی را تا درجه‌ی دکترا مساعد سازند. مسئولان پوهنحی اقتصاد پوهنتون بدخشان، برنامه دارند تا در آینده به استخدام بیشتر اعضای کادر علمی و اداری بپردازند و همچنان بخش شبانه را نیز ایجاد نمایند.
