پوهنحی زراعت، در سال 1389 خورشیدی در چوکات پوهنتون بدخشان به‌فعالیت علمی و اکادمیک آغازنموده است. این نهاد علمی در دو رشته ( باغداری و مالداری ) با پذیرش 100 تن دانشجو به فعالیت شروع کرد. پوهنحی زراعت پوهنتون بدخشان در سال 1392 نخستین دور فراغت دانشجویان خویش را که تعدادشان به 57 تن می‌رسید، جشن گرفت.
این پوهنحی دارای چهار رشته‌ی علمی ( باغداری، علوم حیوانی، جنگل‌داری و منابع طبیعی، و اگرانومی ) می باشد. دروس دانشجویان زراعت پوهنتون بدخشان به گونه‌ی نظری و عملی صورت می‌گیرد. این پوهنحی در بخش‌های کارهای عملی، دارای فارم‌های تحقیقی بوده و اخیرا به همکاری بخش احیای جنگلات دفتر محترم G. I. Z. ، یک قوریه‌ی تحقیقی نیز برای استادان و دانشجویان این پوهنحی، ایجاد شده است. پوهنحی زراعت همچنان در راستای کارهای پژوهشی و عملی، دارای آزمایشگاه و کتابخانه نیز می‌باشد.
پوهنحی زراعت یک نهاد تحصیلی در حال رشد است و رهبری پوهنتون بدخشان تلاش دارد تا سهولت‌های دیگری را در ابعاد مختلف، برای اعضای کادر علمی، کارمندان و دانشجویان این پوهنحی، فراهم نماید.
