معاونت مالی واداری پوهنتون بدخشان، آمریت‌ها و مدیریت‌های عمومی ذیل را باخود دارد:
- آمریت منابع بشری؛
- آمریت ارتباط و آگاهی عامه؛
- آمریت کتابخانه؛
- آمریت تکنالوژی معلوماتی؛
- مدیریت عمومی مالی و حسابی؛
- مدیریت عمومی خدمات؛
- مدیریت عمومی لیلیه‌ی ذکور؛
- مدیریت عمومی لیلیه‌ی اناث؛
- مدیریت عمومی حفظ و مراقبت؛
- مدیریت عمومی ارتقای ظرفیت؛
- مدیریت عمومی تکنالوژی معلوماتی؛
- مدیریت عمومی ویدیو کنفرانس و بست‌های متعدد دیگر.
معاونت مالی و اداری دانشگاه بدخشان در روشنایی قانون، مقررات، لوایح و طرزالعمل‌های وزارت تحصیلات عالی کشور در عرصه‌های مختلف مالی – اداری کار و فعالیت نموده و در واقع این معاونت، حیثیت ستون فقرات را در پوهنتون دارا می‌باشد. تمام تقرر، ترفیع و انفکاک اعضای اداری دانشگاه بدخشان از طریق معاونت مالی و اداری صورت می‌گیرد. همچنان تمام اجراآت قانونی در موارد مالی، حسابی، خریداری‌ها، قید و جمع اموال و اجناس و سایر امور مالی، اداری و خدماتی، از جمله فراهم‌آوردن تسهیلات مناسب ترانسپورتی جهت انتقال منسوبین دانشگاه و اجرای فعالیت‌های دیگربه طور مؤثر و سهل، از همین آدرس معاونت مالی و اداری صورت می‌پذیرد. برای همین می‌توانیم بگوییم که بخش اصلی و اساسی یک نهاد را بخش مالی و اداری تشکیل می‌دهد. اگردر دفتر مالی و اداری نهاد، صداقت و شفافیت وجود داشته باشد، در تمام عرصه‌های دیگر، راست‌کاری و درست‌کاری وجود دارد واگر این بخش نهاد، با فساد آلوده شود، سایر ساحات دیگر نیز در امان نخواهند ماند.
وظایف و صلاحیت‌های معاونت مالی و اداری:
- همکاری با رئیس دانشگاه در بخش‌های مالی، اداری و خدماتی؛
- ارائه‌ی مشوره‌ی لازم به رئیس دانشگاه در بخش‌های مالی، اداری و خدماتی؛
- اجراآت قانونی پیرامون تقرر، ترفیع و انفکاک اعضای اداری دانشگاه،
- اجراآت قانونی در رابطه به اجرای حقوق تقاعدی منسوبین دانشگاه،
- رهبری و نظارت از فعالیت‌ها و اجراآت دفترهای مربوطه؛
- اجراآت قانونی در موارد مالی، حسابی، خریداری‌ها، قید و جمع اموال و اجناس و سایر امور مالی، اداری، خدماتی، از جمله فراهم‌آوردن تسهیلات مناسب ترانسپورتی جهت انتقال منسوبین دانشگاه و اجرای فعالیت‌های آموزشی به طور مؤثر و سهل؛
- کار بالای بودجه‌ی عادی و انکشافی دانشگاه با درنظرداشت نیازمندی‌ها و انکشافات؛
- نظارت از امور مربوط به حفظ و مراقبت ساختمان‌ها، ساحه‌ی سبز و سایر بخش‌های مربوطه؛
- اجراآت قانونی در مورد دارایی‌ها و مالکیت‌های دانشگاه؛
- تأمین شرایط حفظ‌الصحه، پاکی و صفایی در ساختمان‌ها و محیط مربوط به دانشگاه؛
- تهیه و ترتیب آمار و احصائیه‌های مربوطه؛
- انکشاف تدابیر مؤثر و همه‌جانبه در امور مربوط به برق‌رسانی، آب‌رسانی، گرم نمودن ساختمان‌ها، فعالیت‌های سالم کفتریا و نظارت از اجراآت دفترهای مختلف در این زمینه‌ها؛
- طرح پلان‌ها و برنامه‌های کاری برای انکشاف زیرساخت‌های فزیکی دانشگاه؛
- طرح پلان‌ها و برنامه‌های کاری جهت ایجاد و تشویق فعالیت‌های انتفاعی و طی مراحل استفاده از آن بخاطر انکشاف و حل مشکلات دانشگاه در تفاهم با معاونت‌های دیگر و دانشکده‌ها؛
- ارائه‌ی گزارش از فعالیت‌های مربوط به ریاست و شورای اداری دانشگاه؛
- هماهنگ ساختن اجراآت در رابطه به تقرر و انفکاک اعضای اداری دانشگاه؛
- فراهم نمودن امکانات و سهولت های لازم برای اجرای کارهای عملی برای کارمندان؛
- سایر وظایف که طبق موازین قانونی به معاون مالی و اداری تعلق می‌گیرندترتیب کننده: آمریت منابع بشری.