معاونت امور محصلان پوهنتون بدخشان، بخش‌های ذیل را در چوکات خود دارد:
- آمریت امور محصلان؛
- مدیریت عمومی فارغان؛
- مدیریت عمومی ورزشی؛
- مدیریت عمومی روانشناسی ذکور؛
- مدیریت عمومی رواشناسی اناث؛
- مدیریت ثبت و راجستر محصلان؛
- مدیریت اجراییه.
معاونت امور محصلان پوهنتون بدخشان در پرتو لوایح، مقررات، طرزالعمل‌ها و هدایات مقام محترم وزارت تحصیلات عالی و درمطابقت به لایحه‌ی وظایف، بخش امور محصلان این نهاد علمی را در هماهنگی با بخش‌های مربوط و ریاست پوهنتون به اساس پلان وپالیسی و با توجه به برنامه‌های تضمین کیفیت، به صورت منظم به پیش می‌‌برد. بنابراین یک سلسله اجراآت این معاونت قرار ذیل است:
ثبت نام محصلان به صورت آنلاین (Online Students Registration)
محصلان جدیدالشمول پوهنتون بدخشان از سال 1396 بدینسو از طریق HEMIS (سیستم مدیریت اطلاعات وزارت تحصیلات عالی) به صورت آنلاین ثبت شده و به پوهنحی‌های مربوط معرفی می‌گردند. همچنان اجرای کارت هویت، منفکی، تاجیل و تبدیلی، چاپ شقه‌های امتحانات و درج نمره‌های امتحانات محصلان از طریق سیستم فوق الذکر صورت گرفته و برای هر محصل ازطرف مدیریت‌های تدریسی و اجراییه‌ی پوهنحی‌های مربوط در سیستم نامبرده، اکونت ساخته شده است و محصلان از طریق اکونت خویش به نمرات و دیگرموضوعات مربوط به صورت آنلاین دسترسی دارند.
آموزش الکترونیک (E learning)
در سطح پوهنتون بدخشان کمیته‌ی آموزش الکترونیک (E learning) فعالیت دارد. در جریان شیوع ویروس کرونا در کشور که درب پوهنتون‌ها برای محصلان بسته بود، تمام استادان این نهاد علمی از طریق برنامه‌های گوگل کروم، زوم، واتساپ و…. تدریس محصلان را به صورت غیر حضوری و از طریق آموزش الکترونیک به پیش می‌بردند و کدام سکتگی در روند تدریس محصلان پوهنتون بدخشان رونما نگردیده است. همچنان در ختم هر هفته، گزارش برنامه‌های آموزش الکترونیک در این نهاد علمی، به صورت رسمی، به مقام محترم وزارت تحصیلات عالی فرستاده می‌شد.