موسسه‌ی تربیه‌ی معلم ناصر خسرو در سال 1366 خورشیدی، در چوکات ریاست معارف ولایت بدخشان ایجاد شد که مدیریت آن را محترم محمد ظاهرخان به‌عهده داشت. محترم استاد نعمت‌الله خان درخانی و محترم عبدالله خان فاضل، به‌حیث معاونان آن موسسه ایفای وظیفه می‌نمودند. مدیریت موسسه‌ی تربیه‌ی معلم ناصر خسرو در سال 1369 خورشیدی، از طریق ریاست معارف ولایت بدخشان، به‌ریاست موسسه‌ی تربیه‌ی معلم ارتقاء کرد. این موسسه در سال 1377 خورشیدی، به‌اساس فرمان پروفیسور برهان‌الدین ربانی، رئیس دولت اسلامی افغانستان، به‌انستیتوت پیداگوژی ارتقاء نمود. ریاست انستیتوت پیداگوژی را در آن وقت، محترم پوهنیار قدرت‌الله بهلول – که هم اکنون عضو کادر علمی پوهنحی علوم اجتماعی پوهنتون بدخشان است – عهده‌دار بود. همچنان در همین‌سال به‌اساس فرمان استاد ربانی، پوهنحی طب در بدخشان نیز ایحاد گردید که ریاست آن را محترم داکترعبدالمحفوظ بدخش و معاونت آن را محترم استاد نعمت‌الله خان درخانی به‌دوش داشتند. قابل یاددهانی است که مسوولیت عمومی و نظارت پوهنحی طب را محترم داکتر احمد ضیاء یفتلی، رئیس صحت عامه‌ی ولایت بدخشان به‌عهده داشت. همچنان محترم داکتر نور خاوری، عبدالودود ثابت و پوهنمل داکتر عبدالقدیر بران، نیز مسوولیت پوهنحی طب را هر کدام مدتی به‌دوش داشتند. در همین زمان، کمیته‌ی اخذ امتحان کانکور نیز به اساس هدایت پروفیسور برهان‌الدین ربانی ایجاد شد و دانشجویان با سپری نمودن کانکور، به انستیتوت پیداگوژی و پوهنحی طب، راه می‌یافتند. دروس دانشجویان طب توسط داکتران صحت عامه و استادان ساینس و ریاضیات ولایت بدخشان ارایه می‌گردید. انستیتوت پیداگوژی ولایت بدخشان در سال 1381 خورشیدی، به‌نام پوهنحی تعلیم و تربیه در وزارت تحصیلات عالی ثبت شد و به این ترتیب دو پوهنحی در چوکات موسسه‌ی تحصیلات عالی بدخشان فعالیت داشتند. پوهنحی طب تا سال 1383 خورشیدی در بدخشان فعال بود، اما متاسفانه در همین‌سال، به‌دلیل نبود کادرهای علمی و مسلکی، آزمایشگاه، شفاخانه‌ی معیاری برای کارهای عملی و… به‌اساس لزوم‌دید وزارت تحصیلات عالی، به‌حالت تعلیق درآمد. پوهنمل داکتر عبدالقدیر بران، در آن زمان، به‌حیث رئیس موسسه‌ی تحصیلات عالی بدخشان ایفای وظیفه می‌نمود. همچنان محترم پوهنمل عبدالقدیر مهان به‌حیث معاون اداری و محترم استاد نعمت‌الله خان درخانی به‌صفت معاون تدریسی موسسه کار می‌کردند. در سال 1382 خورشیدی، پوهنمل عبدالقدیر مهان، به‌عنوان رئیس موسسه‌ی تحصیلات عالی بدخشان گماشته شد. موصوف تا سال 1391 در همین سمت خدمت کرد.
لازم به‌یاددهانی است که پوهنحی ادبیات، در سال 1387 و پوهنحی‌های زراعت و اقتصاد در سال 1389 در چوکات پوهنتون بدخشان ایجاد شدند. در سال 1391 محترم پوهندوی دکتر خسرو نظری به‌حیث رئیس موسسه‌ی تحصیلات عالی بدخشان مقرر و معرفی گردید. درهمین سال موسسه‌ی تحصیلات عالی بدخشان، به‌پوهنتون ارتقاء یافت و فصل تازه‌یی از فعالیت‌هایش را آغاز کرد.
به‌همین ترتیب در سال‌های بعد، پوهنحی‌های شرعیات، علوم اجتماعی، کمپیوترساینس، حقوق و انجنیری در چوکات پوهنتون بدخشان، تأسیس شدند.
در سال 1398 خورشیدی، محترم محمد قاسم آریا، به‌حیث رئیس پوهنتون بدخشان مقرر شد و مدت دوسال و چند ماه در این سمت ایفای وظیفه نمود. فعلاً محترم پوهنیار نقیب‌الدین قاضی‌زاده، به‌صفت رئیس این پوهنتون، خدمت می‌کند.
پوهنتون بدخشان در حال حاضر 9 پوهنحی، 26 رشته‌ی علمی، 182 بست کادر علمی، 162 تن کارمند اداری و 5560 دانشجو دارد که 35 درصد این دانشجویان، دختران اند.
باید گفت که پوهنتون بدخشان، یک نهاد در حال رشد بوده و این کانون تحصیلی به اساس پلان راهبردی خود، برنامه‌های زیادی را روی دست دارد تا در ابعاد مختلف علمی و اداری تطبیق نماید. بزرگ‌ترین چالش فرا راه این نهاد اکادمیک، کمبود زمین است. پوهنتون بدخشان فعلا تقریبا 60 جریب زمین را در دشت شهدای شهر فیض‌آباد در اختیار خود دارد که متاسفانه در شرایط کنونی، پاسخ‌گوی نیازمندی‌های این نهاد علمی نیست.
دیدگاه پوهنتون بدخشان:
پوهنتون بدخشان با داشتن نیروی انسانی متخصص، جوان و پرتلاش، متعهد است که در پنج‌سال آینده، در جمع ده پوهنتون برتر و با اعتبار اکادمیک، در سطح کشور محسوب شود.
ماموریت پوهنتون بدخشان:
پوهنتون بدخشان، به‌مثابه‌ی یک نهاد اکادمیک پویا، با داشتن کادرهای جوان، در حال حاضر از طریق تدریس معیاری و انجام تحقیقات علمی، مطابق نیاز بازار کار، مصروف تربیه‌ی کادرهای متعهد، متخصص و مسلکی می‌باشد.
ارزش‌های که پوهنتون بدخشان به آن‌ها پای‌بند است:
پوهنتون بدخشان به مثابه‌ی یک نهاد تحصیلی دولتی، در حیات اکادمیک خویش، متعهد به حفظ و رعایت ارزش‌های ذیل بوده و برای تقویت آن‌ها تلاش‌های خویش را بیشتر از پیش افزایش می‌دهد:
- احترام به مقدسات دینی و مذهبی؛
- تربیه‌ی افراد متعهد به ارزش‌های والای اسلامی و انسانی؛
- جلوگیری از هر نوع تعصب و تبعیض نژادی، قومی، زبانی، مذهبی و جنسیتی؛
- ارج گذاشتن به داشته‌های معنوی و فکری؛
- تشویق خلاقیت، نوآوری و ابتکار در عرصه‌های علمی و اداری؛
- پاسخ‌گویی به نیازهای علمی و پژوهشی جامعه؛
- تقدیم دانشجویان مسئولیت‌پذیر، متعهد و متخصص به جامعه؛
- نهادینه کردن تفکر انتقادی در محیط پوهنتون؛
- مبارزه‌ی جدی علیه فساد اداری؛
- احترام گذاشتن به هنجارها و ارزش‌های پذیرفته شده در محیط اکادمیک؛
- ایجاد روحیه‌ی مثبت اندیشی و همدیگر پذیری؛
- رعایت عدالت و برابری در امور اکادمیک و اداری.
هیأت رهبری پوهنتون بدخشان:
- رئیس عمومی پوهنتون؛
- معاون امور علمی؛
- معاون امور محصلان؛
- معاون مالی و اداری؛
- رئیس پوهنحی تعلیم و تربیه؛
- رئیس پوهنحی ادبیات و علوم بشری؛
- رئیس پوهنحی زراعت؛
- رئیس پوهنحی اقتصاد؛
- رئیس پوهنحی شرعیات؛
- رئیس پوهنحی علوم اجتماعی؛
- رئیس پوهنحی حقوق و علوم سیاسی؛
- رئیس پوهنحی کمپیوتر ساینس؛
- رئیس پوهنحی انجنیری.
رؤسای پوهنتون تا اکنون:
- پوهنمل داکتر عبدالقدیر بران از سال 1380 خورشیدی تا 1382؛
- پوهنمل عبدالقدیر مهان از سال 1382 تا سال 1391؛
- پوهنمل دکتر خسرو نظری از سال 1391 تا 1398؛
- پوهندوی محمد قاسم آریا از ماه سرطان 1398 تا ماه دلو 1400؛
- پوهنیار نقیب الدین قاضی‌زاده از ماه دلو 1400 تا 1402.
- مولوی نظر محمد نیازی
وظایف و اختیارات هیأت رهبری
وظایف و اختیارات رئیس عمومی پوهنتون:
- نمایندگی قانونی از پوهنتون؛
- ریاست از جلسات شورای علمی پوهنتون و نظارت از تطبیق فیصله‌های آن؛
- نظارت از تطبیق امور مربوط به معاونت‌های پوهنتون، پوهنحی‌ها و سایر نهادهای مربوط؛
- نظارت و مواظبت از ارائه‌ی خدمات اجتماعی و رفاهی پوهنتون؛
- اداره‌ی امور مالی، حسابی، دارایی‌ها و ملکیت‌های پوهنتون؛
- تأمین نظم و انظباط و مساعد نمودن محیط و فضای مناسب کار در پوهنتون،
- انکشاف تدابیر لازم و فراهم‌آوری سهولت‌ها برای بهبود وضع تحصیلی، تربیتی و تحقیقی در پوهنتون؛
- مواظبت و رعایت اصول و آزادی‌های اکادمیک در پوهنتون؛
- اتخاذ تدابیر و انکشاف پلان‌ها و برنامه‌های لازم جهت بلند بردن عواید و دارایی‌های پوهنتون و طریق اجرای تحقیقات علمی، انتشارات، برگزاری برنامه‌های آموزشی و تأسیس نهادهای تولیدی؛
- ایجاد و تحکیم روابط علمی با نهادهای همتا به سطح ملی و جهانی؛
- جلب و جذب مساعدت‌های مالی و تخنیکی اشخاص و مؤسسات داخلی و خارجی طبق قانون؛
- امضای قرادادهای توامیت علمی و تحقیقی طبق احکام قانون؛
- تأیید یا ارجاع فیصله‌ها و مصوبه‌های شوراهای علمی پوهنحی جهت بررسی به مجلس شورای علمی پوهنتون؛
- اجراآت لازم پیرامون تقرر، تثبیت رتبه‌ی علمی، ارتقای سویه‌ی علمی، ترفیع علمی، انفکاک و تقاعد منسوبین پوهنتون؛
- اجراآت ضروری در رابطه به استخدام کادرهای علمی قراردادی؛
- اجراآت لازم در باره‌ی استفاده از بورس‌های تحصیلی و کوتاه مدت؛
- نمایندگی از پوهنتون در مسافرت‌های کاری به خارج از کشور در صورت ضرورت و ایجاب لایحه‌ی وظایف؛
- انکشاف تدابیر لازم برای بهبود وضع خدمات و حفظ و مراقبت پوهنتون؛
- اجراآت لازم در باره‌ی تقدیر و تحسین از منسوبین پوهنتون؛
- اجراآت لازم در باره‌ی انکشاف و تطبیق معیارهای انضباطی و تأدیبی در پوهنتون؛
- طرح پلان‌ها و برنامه‌های انکشافی درازمدت، میان‌مدت و کوتاه‌مدت؛
- ارائه‌ی گزارش از فعالیت‌های پوهنتون به مجلس عمومی استادان، شورای علمی و مقام محترم وزارت تحصیلات عالی؛
- رعایت و نظارت از تطبیق قانون و تأمین برخورد یکسان و عادلانه با تمام منسوبین پوهنتون؛
- نظارت از اجراآت معاونت‌های علمی، اداری و دانشجویان و نهادهای مربوط آن‌ها،
- نظارت از اجراآت پوهنحی‌ها؛
- سایر وظایفی که طبق قانون به رئیس پوهنتون تعلق می‌گیرند.
- وظایف و اختیارات معاون امور علمی:
- اجرای وظایف رئیس پوهنتون در غیاب او؛
- همکاری با رئیس پوهنتون در امور و فعالیت‌های اکادمیک؛
- اجراآت قانونی پیرامون تقرر، تثبیت رتبه‌ی علمی، ترفیع علمی و انفکاک اعضای کادر علمی؛
- اجراآت اصولی و اکادمیک، دررابطه به استخدام کادرهای علمی قراردادی طبق نیازمندی پوهنحی‌ها؛
- سازماندهی طرح و مراقبت از تطبیق پلان‌ها و برنامه‌های تحصیلات عالی در پوهنتون؛
- طرح و تطبیق پلان‌ها و برنامه‌های تحقیقات علمی در پوهنتون؛
- رهبری و نظارت از امور تحقیقات علمی در پوهنتون؛
- رهبری و نظارت از امور نشراتی پوهنتون؛
- طرح پلان کاری شورای علمی پوهنتون و ارائه‌ی آن در اولین جلسه‌ی شورای علمی در آغاز هر سال به منظور تصویب و تطبیق؛
- ترتیب آجندای جلسات شورای علمی پوهنتون و ثبت فیصله‌های شورای علمی؛
- تکثیر و توزیع فیصله‌ها و تصامیم شورای علمی پوهنتون به مراجع ذی‌ربط جهت اجراآت؛
- بررسی و ارزیابی مقرره‌ها، لایحه‌ها و طرزالعمل‌های مربوط به بخش اکادمیک پوهنتون و در صورت ضرورت ارائه‌ی طرح تعدیل و پیشنهاد آن به مراجع بالا؛
- نظارت و بررسی از امور کتاب‌خانه‌ها، بخش‌های تکنالوژی معلوماتی و اجراآت لازم در مورد تکمیل و تجهیز آن‌ها،
- ریاست از کمیته‌های مربوطه؛
- تسهیل و نظارت از طرح تشکیل اکادمیک در پوهنتون؛
- نظارت از امور و فعالیت‌های دفترهای مربوط به معاونت علمی؛
- ارزیابی نصاب درسی و طرح پیشنهادها جهت عیار نمودن آن با نیازمندی‌های زمان و معیارهای بین المللی؛
- نظارت از انکشاف، بازنگری و تطبیق نصاب درسی در پوهنحی‌ها؛
- ارائه‌ی گزارش از اجراآت و فعالیت‌های سالانه‌ی معاونت علمی به ریاست و شورای علمی؛
- نظارت از طبیق و اجرای تصامیم شورای تحصیلات عالی در بخش اکادمیک؛
- فراهم نمودن امکانات لازم برای اجرای کارهای عملی- ساحوی دانشجویان؛
- تهیه و ترتیب آمار و احصائیه‌های مربوط به اعضای کادر علمی و سایر موارد اکادمیک؛
- تسهیل و همکاری در ساختن پلان راهبردی پوهنتون؛
- سایر وظایفی که مطابق قانون به معاون امور علمی تعلق می‌گیرند.
- وظایف و اختیارات معاون امور محصلان:
- همکاری با رئیس پوهنتون در بخش امور دانشجویان و ارائه‌ی مشوره برای بهبود امور آنان؛
- نظارت و رهبری و انجام فعالیت‌ها در امور نهادهای مربوط به معاونت امور دانشجویان؛
- اتخاذ تدابیر ضروری برای بهبود وضعیت درسی پوهنحی‌ها؛
- ارزیابی و بررسی مقرره‌ها، لایحه‌ها و طرزالعمل‌های مربوط به دانشجویان و در صورت ضرورت تهیه‌ی طرح تعدیل و پیشنهاد آن به مرجع بالایی؛
- نظارات از امتحانات در وقت پیش‌بینی شده در لایحه‌ی امتحانات؛
- طرح تقویم اکادمیک سالانه‌ی پوهنتون و ارسال به‌موقع آن غرض تصویب به شورای علمی مؤسسه؛
- اجراآت لازم پیرامون پذیرش دانشجویان جدیدالشمول، ثبت نتایج دانشجویان، تأجیل، تثبیت محرومان امتحان و انفکاک دانشجویان غایب و ناکام مطابق به معیارهای پذیرفته شده؛
- طرح و عملی نمودن اقدامات لازم جهت فراهم ساختن مصروفیت‌های سالم خارج صنف برای دانشجویان از جمله ورزش، فعالیت‌های هنری، آموزش اجتماعی و عام‌المنفعه به همکاری معاون مالی و اداری؛
- تکمیل آمار و احصائیه‌ی مربوط به دانشجویان؛
- فراهم‌نمودن امکانات لازم برای اجرای کارهای عملی و ساحوی دانشجویان؛
- ریاست از کمیته‌های مربوطه؛
- اجراآت ضروری در مورد صدور و تکمیل دیپلوم‌ها، تصدیق‌نامه‌های تحصیلی و ترانسکریپت دانشجویان؛
- تهیه و توزیع کارت هویت به دانشجویان و جمع‌آوری پس از فراغت از آن‌ها؛
- طرح و تعدیل لایحه‌ی نظم و دسپلین؛
- ارائه‌ی گزارش از فعالیت‌های سالانه به ریاست و شورای علمی پوهنتون،
- سازماندهی و نظارت از اجرای فیصله‌های شورای علمی پوهنتون در بخش دانشجویان؛
- سایر وظایفی که طبق قوانین و اصول جاری پوهنتون به او تفویض می‌شوند.
وظایف و اختیارات معاون مالی و اداری:
- همکاری با رئیس پوهنتون در بخش‌های مالی، اداری و خدماتی؛
- ارائه‌ی مشوره‌ی لازم به رئیس پوهنتون در بخش‌های مالی، اداری و خدماتی؛
- اجراآت قانونی پیرامون تقرر، ترفیع و انفکاک اعضای غیر اکادمیک پوهنتون،
- اجراآت قانونی در رابطه به اجرای حقوق تقاعدی منسوبین پوهنتون،
- رهبری و نظارت از فعالیت‌ها و اجراآت دفترهای مربوطه؛
- اجراآت قانونی در موارد مالی، حسابی، خریداری‌ها، قید و جمع اموال و اجناس و سایر امور مالی، اداری، خدماتی، از جمله فراهم‌آوردن تسهیلات مناسب ترانسپورتی جهت انتقال منسوبین پوهنتون و اجرای فعالیت‌های آموزشی به طور مؤثر و سهل؛
- کار بالای بودجه‌ی عادی و انکشافی پوهنتون با درنظرداشت نیازمندی‌ها و انکشافات؛
- نظارت از امور مربوط به حفظ و مراقبت ساختمان‌ها، ساحه‌ی سبز و سایر بخش‌های مربوطه؛
- اجراآت قانونی در مورد دارایی‌ها و مالکیت‌های پوهنتون؛
- تأمین شرایط حفظ‌الصحه، پاکی و صفایی در ساختمان‌ها و محیط مربوط به پوهنتون؛
- تهیه و ترتیب آمار و احصائیه‌های مربوطه؛
- انکشاف تدابیر مؤثر و همه‌جانبه در امور مربوط به برق‌رسانی، آب‌رسانی، گرم نمودن ساختمان‌ها، فعالیت‌های سالم کفتریا و نظارت از اجراآت دفترهای مختلف در این زمینه‌ها؛
- طرح پلان‌ها و برنامه‌های کاری برای انکشاف زیرساخت‌های فزیکی پوهنتون؛
- طرح پلان‌ها و برنامه‌های کاری جهت ایجاد و تشویق فعالیت‌های انتفاعی و طی مراحل استفاده از آن بخاطر انکشاف و حل مشکلات پوهنتون در تفاهم با معاونت‌های دیگر و پوهنحی‌ها؛
- ارائه‌ی گزارش از فعالیت‌های مربوط به ریاست و شورای اداری پوهنتون؛
- هماهنگ ساختن اجراآت در رابطه به تقرر و انفکاک اعضای اداری پوهنتون؛
- فراهم نمودن امکانات و سهولت های لازم برای اجرای کارهای عملی برای کارمندان؛
- سایر وظایف که طبق موازین قانونی به معاون مالی و اداری تعلق می‌گیرند.
وظایف و اختیارات رئیس پوهنحی:
- نمایندگی از پوهنحی در برابر مرجع بالاتر؛
- ریاست از نشست‌های شورای علمی پوهنحی؛
- نظارت از تطبیق احکام قانون، مقرره‌ها، لایحه‌ها و فیصله‌های شورای علمی پوهنحی و پوهنتون؛
- تنظیم امور اکادمیک، مالی و اداری پوهنحی؛
- ارائه‌ی گزارش از فعالیت‌های پوهنحی به‌ریاست پوهنتون، شورای علمی پوهنتون و مجلس استادان؛
- سایر وظایف که مطابق قانون به رئیس پوهنحی، تعلق می‌گیرند.
ارتقاء از موسسه‌ی تحصیلی به پوهنتون:
پوهنتون بدخشان به تاریخ 4/ 10/ 1391 به اساس فیصله‌ی بورد علمی ریاست انسجام امور اکادمیک وزارت محترم تحصیلات عالی و منظوری مقام محترم ریاست جمهوری، از مؤسسه‌ی تحصیلات عالی، به‌پوهنتون ارتقاء نمود و فصل تازه‌ای از فعالیت‌های علمی و اکادمیک خود را آغاز کرد. شورای علمی پوهنتون بدخشان که عالی‌ترین مرجع تصمیم‌گیری در سطح پوهنتون می‌باشد، روز چهارم ماه قوس 1391 خورشیدی را به‌عنوان ” روز پوهنتون ” نام‌گذاری نمود.